第一、稅率不同。
小規(guī)模需要按照3%的稅率來計算增值稅，或者是出售不動產征收的稅率為5%。
一般納稅人的公司會根據公司銷售的貨物，提供的勞務來使用不同檔次的稅率，稅率分別為13%，10%，9%，6%，涉及到出口貨物可能會有零稅率或者是退稅的政策。

第二、發(fā)票使用區(qū)別。
小規(guī)模納稅人不管是取得的增值稅普通發(fā)票還是增值稅專業(yè)發(fā)票都不能抵扣增值稅。
一般納稅人在獲得增值稅專業(yè)發(fā)票時，可以抵扣進項稅，所以都會盡量要供應商開具增值稅專業(yè)發(fā)票，普通發(fā)票無法完成抵扣，從而會增加公司的運營成本。

第三、稅收優(yōu)惠政策不同。
小規(guī)模納稅人規(guī)定了季度銷售額在30萬元以內，可以免征增值稅，另外城建稅，印花稅，房產稅等稅費還可以減征。
一般納稅人類型的公司無法享受到這些稅率方面的優(yōu)惠政策。

第四、納稅申報周期不同。
一般納稅人的納稅申報按月進行，小規(guī)模納稅人的納稅申報一般按季度進行（例外：部分小規(guī)模納稅人也可申請按月申報）。
正是因為一般納稅人的會計水平比小規(guī)模納稅人更加健全，所以一般納稅人需要每月進行增值稅申報，而小規(guī)模納稅人只需在一月初、月初進行增值稅申報。
四月、七月初和十月初進行四份納稅申報表。